古文書 （こもんじょ）とは、歴史学上、特定の対象へ意思を伝達するために作成された伝達手段のことである。簡単に言うと、誰か特定の他者に意思を伝えるために作成された物体のことである。 したがって、編纂物である歴史書の類や個人の記録である日記、備忘録、本などの著作物は古文書とは言わない。しかし、これらの物も「古記録」と呼ばれ、重要な史料であることに間違いはない。 また、逆に、電子メール、個人宛のビデオレターなども歴史学上の史料としては古文書に含まれる。日本史の分野で多く用いられる用語であり、日本以外をフィールドとする場合、古記録とまとめて文書史料、略して文書（もんじょ）と呼ぶことが多い。
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今日伝世する古文書の多くは権利関係の文書である。これは当時、権利関係の文書ばかりが発給されていたということではなく、そのような文書だけが大事に保管され、他の文書は廃棄されたためである。今日でも証書など大事な書類は引き出しや金庫に保管するが、さほど重要性を持たない文書は役割を終えると廃棄されるのと同じである。
古文書には当時の原本（「正文」しょうもん）が宛所の家にそのまま伝わる場合と、下書き（「草案」そうあん/「土代」どだい）が差出人の家に控えとして伝世する場合がある。また、朝廷や幕府が同じ命令を各地に出すときや、分家するときに先祖が発給を受けた文書を分家に写しとして分与したり、訴訟で証拠書類を提出するとき、正文をもとに写しを作成する。これら写しは「案文（あんぶん）」と呼ばれている。 また偶然、機能を終えた文書の裏面を利用して写本を行ったり、裏面に草案をしたためたりして廃棄されずに、別な形で伝世する場合がある。このような文書を「紙背文書」と呼ぶ。
古文書を研究する歴史学上の一つのカテゴリーであり、史料学の一分野とみなされる。主に古文書の様式分類を研究目的とする。大学の文学部歴史学科などで専門課程の講座や講義として設けられている場合が多い。ほとんどの日本史学専攻の学生は受講しなければならないよう義務付けられている。授業の内容は古文書の様式といった基礎知識の伝授と実際の読み下しが行われていることが多い。
前近代社会にあっても、古文書の研究は存在したが、それは訴訟などで証拠として提出された文書の真偽を鑑定するためであった。また、故実家が礼法の研究として古文書を研究して書札礼を確立させたりした。
「古文書学」として学問分野での研究が行われるようになったのは、明治時代に入ってからである。西洋の歴史学の研究法をから影響を受け、久米邦武、星恆、黒板勝美などが中心になり発展していく。
古文書様式
古文書は時代や差出人と宛所の関係などで様々な種類がある。日本で正式に文書の様式が定められたのは大宝元年（701年）に制定された大宝律令の中の大宝令に於いてである。その後、養老律令で整備されたといわれている。律令期から摂関、院政期までは公式文書としてこれらの文書が使われ公式様文書と呼ばれていたが、次第に簡略化された文書が主流となる。一般的にそれら簡略化された文書は公家様文書と呼ばれている。鎌倉幕府成立以降、武士も様々な文書を発給する必要が出た。彼らは公家様文書を下敷きに様々な文書を編み出し、それらは武家様文書と呼ばれている。
ただし、これらの分類は、上から下へ発給する文書である。下位の者が上位のものへ出す文書は時代を超えて上申文書と分類される。
公式様文書
詔書（しょうしょ）
天皇の勅命を下達する文書。臨時の大事に際して発せられる。中務省が出す。
勅旨（ちょくし） 勅書（ちょくしょ）
天皇の勅命を下達する文書。詔書より小時に発せられる。中務省が出す。
符（ふ）
直接上下関係にある役所、間で上位の役所が下位の役所に下す文書。
移（い）
ほぼ同等の役所間でやり取りされる文書。
牒（ちょう）
上下関係がはっきりしない役所間でやり取りされる文書。やがて、蔵人所や検非違使庁、記録所といった令外官が発給する文書様式となる。
解（げ）
下位の役所が上位の役所に出す文書。やがて個人間でも下位身分のものが上位身分で出す文書も指す。
公家様文書
宣旨（せんじ）
詔書、勅書の手続きを簡略化した勅命文書。中務省に上げる前の段階で公式に発給された文書。
官宣旨（かんせんじ）
弁官が署名して発した勅命文書。宣旨より簡略化。
庁宣（ちょうせん）
平安中期以降、国司の遙任が恒常化する。国司は任地に目代を派遣し任国を支配した。中央政府から発せられる命令は国司に伝えられる。在京の国司が任国に出す文書が庁宣である。
綸旨（りんじ）
弁官や蔵人が天皇の意思を受けて出す文書。内容は勅命だが、形式的には弁官や蔵人が発する文書形式を取る。同じように院の意思を受けて院の近臣が出す文書を院宣（いんぜん）、親王、内親王、女院などの近臣が出す文書を令旨（りょうじ）、三位以上の者の近臣が出す文書を御教書（みぎょうしょ）という。
武家様文書
下文（くだしぶみ）
将軍か将軍家の政所が発給する最も格式の高い文書。所領の安堵状に多い。
下知状（げちじょう）
下文と御教書の折衷様式。裁決文書に多い。
御教書（みぎょうしょ）・奉書（ほうしょ）
将軍が一般の政務などで出す伝達用の文書。政所や問注所など幕府の機関が出す同形式の文書を奉書と言った。どちらも公家様文書の御教書からきたもので、差出人は近臣や執事である。
直状（じきじょう）
発給者が直接出す文書。差出人が自署する。
印判状（いんばんじょう）
花押の代わりに判を押した文書。形式的には直状と同じだが、格式は下。
上申文書
解状（げじょう）・訴陳状（そちんじょう）
役所間だけのやり取りだった解状を個人間で行ったもの。下位者から上位へ意思を述べる文書。
紛失状（ふんしつじょう）
主に土地関係の権利書で、紛失した場合、その由来を書いて上申する。権利が認められるとその上申書の余白に権利を認める旨の書き込みが行われて上申者に返却された。これを紛失状と言う。
請文（うけぶみ）・請取状（うけとりじょう）
将来、権利、金品等を付与することを約束した文書。転じて命を請けたことを報告する文書。武家文書では後者の意味が強い。
起請文（きしょうもん）
宣誓書。
着到状（ちゃくとうじょう）
軍勢催促に応じて参陣した際に提出する書類。受け手の指揮者は署名して内容が確かなことを証明し、提出者を「着到帳」に記載する。
軍忠状（ぐんちゅうじょう）
合戦での戦功を列記し、指揮者に提出する書類。受け手の指揮者は署名して内容が確かなことを証明する。
証文類
譲状（ゆずりじょう）
財産を譲渡する際、譲渡内容を記した文書。
売権（ばいけん）
財産を売買したことを認め、買主に権利を譲渡したことを売り手が認めた文書。
借用状（しゃくようじょう）
借主が貸主に確かに金品等を借りたことを認めた文書。債務が消滅すると借主に渡される。
古文書における敬意表現
候文
今日の「です・ます」調にあたる丁寧文。詳しくは候文を参照。
闕字
天皇や貴人・寺社に関する称号や言葉が文中に用いられるとき、敬意を払うため、その語の前に1字分もしくは2字分相当の空白をあけることを闕字（けつじ）という。大宝律令公式令に定めがあり、具体的には「大社」「○○陵」「乗輿」「車駕」「詔書」「勅旨」「聖化」「天恩」「慈恩」「中宮」「朝廷」「春宮」「殿下」などの語に対して用いるべきとあるが、平安時代以降は必ずしもその範囲は厳格ではなかった。近世末まで用いられた。
平出
闕字よりもさらに敬意を表した書式。闕字と同様に公式令に定めがある。天皇や神仏に関わる語彙が文中に現れた場合に、たとえ行の途中であっても、あえて改行し行頭に語を置くことによって敬意を表すことを平出（へいしゅつ、びょうしゅつ）または平頭抄出という。「皇祖」「先帝」「天子」「天皇」「皇帝」「陛下」「至尊」「太上天皇」、天皇諡、三后（皇后・皇太后・太皇太后）などの語に対して用いたが、闕字と同様、時代が下るにつれてその適用範囲は曖昧となっていった。
擡頭
闕字・平出よりもさらに敬意を高めた表現。神仏・天皇などの語彙が文中に現れた場合、文を途中で改行するだけでなく、その語を他の行よりも上の位置から書き出すことを擡頭（たいとう）と呼ぶ。1字分上に書くことを一字擡頭、2字分上に書くことを二字擡頭といい、上に書くほどより敬意を表した（最大で五字擡頭まで）。